Zmiany w genach NRAMP1 i podatność na gruźlicę u zachodnich Afrykanów cd

Analizę statystyczną przeprowadzono etapami. Ogólna częstość genotypów została porównana początkowo z użyciem testu chi-kwadrat z dwoma na dwóch z 2 df. Jeżeli wystąpiła istotna ogólna różnica między przypadkami a grupami kontrolnymi (P <0,05), porównywano poszczególne genotypy z zastosowaniem testu chi-kwadrat dwóch na dwa z df. Aby umożliwić potencjalne zakłócające działanie grupy etnicznej, przeprowadzono również analizę chi-kwadrat przy użyciu testu Mantela-Haenszela i stratyfikacji według grupy etnicznej. Wpływ powiązanej zmienności na asocjacje genotypowe oceniono za pomocą regresji logistycznej.
Wyniki
Tabela 1. Tabela 1. Częstości allelowe NRAMP1 wśród 827 Gambijczyków, według grupy etnicznej. Tabela 2. Tabela 2. Związek między polimorfizmami NRAMP1 a gruźlicą w Gambii. Częstotliwości alleliczne NRAMP1 dla wariantów INT4, D543N i 3 UTR różniły się istotnie pomiędzy grupami etnicznymi (Tabela 1). To odkrycie podkreśla znaczenie zapisywania dokładnych danych o pochodzeniu etnicznym podczas przeprowadzania badań genetycznej kontroli klinicznej. Populacja Gambii jest dobrze przystosowana do badań genetycznych, ponieważ można dokładnie klasyfikować osoby pod względem przynależności do względnie blisko spokrewnionych grup etnicznych, co rzadko jest możliwe w populacjach zachodnich. Testy chi-kwadrat Mantela-Haenszela wykonano po stratyfikacji według grupy etnicznej, aby skorygować ten potencjalny czynnik zakłócający (tabela 2).
Cztery polimorfizmy 5 (CA) n, INT4, D543N i 3 UTR były w znacznym stopniu związane z gruźlicą (p = 0,03, p = 0,009, p = 0,008 i p <0,001). Mikrosatelity 5 (CA) n i wariant INT4 wykazywały znaczącą nierównowagę sprzężeń, z allelem 5 (CA) n 201-bp silnie związanym z allelem INT4 C (P <0,001), a zatem wyniki te nie są zatem niezależne. Ponadto allel D543N A zawsze był związany z allelem 3 UTR del (P <0,001), a zatem wyniki te nie są również niezależne od siebie. Haplotyp 3 UTR del / D543N G został znaleziony w tej populacji, podczas gdy jest on nieobecny u Europejczyków i Azjatów18 (i niepublikowanych danych). Allele INT4 i 3 UTR nie były ze sobą znacząco powiązane (chi-kwadrat = 0,83, P = 0,93), a oba były niezależnie i znacząco związane z gruźlicą (w analizie regresji logistycznej, P = 0,006 dla INT4 i P = 0,004 dla 3 UTR, po stratyfikacji na obecność lub brak INT4, kwadrat chi Mantela-Haenszela = 7,73 z df dla 3 UTR, P = 0,005 oraz po rozwarstwieniu na obecność lub brak 3 UTR, Mantel -Haenszel chi-kwadrat = 7,708 z df dla INT4, P = 0,006). Występowały niewielkie różnice w całkowitej liczbie osób, u których wykonano typowanie dla każdego polimorfizmu, ponieważ bardzo ograniczone ilości DNA były dostępne od kilku osób.
Dwa dodatkowe polimorfizmy w genie NRAMP1 zostały oznaczone jako: przejście C-to-T w jedną zasadę w pozycji 236 pz przed miejscem startu transkrypcji19 i delecja kodująca 9 pz w eksonie 2.17. Delecja 9 pz była bardzo rzadka (alleliczna częstość, <1 procent), a polimorfizm -236C / T nie był związany z gruźlicą (chi-kwadrat = 2,82, P = 0,25, dane nie przedstawione).
Tabela 3
[patrz też: diklofenak, Corsodyl, sklerodermia ]
[podobne: artefakty ruchowe, ashwagandha skutki uboczne, babka płesznik dawkowanie ]